A endometriose profunda, também chamada de endometriose avançada, corresponde às lesões que atingem os orgãos pélvicos em profundidade superior a 5 mm, por extensões variadas e provocando maiores deformidades anatômicas.
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É nessa fase que encontram-se as lesões intestinais, acompanhadas ou não por lesões na bexiga e, mais raramente, no ureter.⠀
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Existem diversas teorias sobre a origem das lesões profundas. As principais explicam que as lesões profundas intestinais podem ser originadas a partir de lesões superficiais que foram aos poucos invadindo o tecido intestinal, ou então podem surgir por metaplasia de celulas embrionárias que se diferenciam em lesões endometrióticas.⠀
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Normalmente, provoca quadros dolorosos muito intensos, mas aproximadamente um terço das mulheres nessa fase apresentam apenas dores leves ou moderadas e cerca de 5% são assintomáticas.

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